L’erbario di Giovanni Passerini comprende un erbario fanerogamico, con esemplari essiccati di piante fanerogame, cioè con organi sessuali evidenti e che si riproducono tramite semi, che riportano il nome del campione e la località di raccolta ed un erbario crittogamico, contenente campioni di parti di piante affette da micromiceti, cioè funghi microscopici parassiti e saprofiti dei vegetali.

L’erbario di Passerini rappresenta la raccolta scientificamente più preziosa fra tutti gli erbari dell’Orto Botanico.

Fornisce uno spaccato della flora micologica parmense del XIX secolo di cui Passerini fu e rimane lo studioso più insigne; ancora oggi molti di questi campioni sono richiesti a fini di studio da istituzioni accademiche a livello internazionale.

Passerini fu uno dei primi studiosi in Italia ad introdurre l’uso del microscopio ottico, sia come mezzo di indagine scientifica, sia come strumento didattico per l’osservazione di preparati vegetali e micologici.

Grazie a lui, l’Istituto di Botanica dell’Università di Parma arrivò, per il livello di innovazione delle attrezzature scientifiche e didattiche che possedeva, ad un grado di specializzazione e di efficacia di ricerca, che solo pochissimi altri atenei in Italia potevano vantare.

In particolare questo microscopio fu commissionato da Passerini a Giovan Battista Amici, ingegnere, matematico e fisico, che dal  1825 si era dedicato alla costruzione di strumenti ottici realizzando numerosi microscopi e telescopi di altissima qualità.

Per il tempo, il microscopio catadiottrico di Amici «superò di gran lunga per nitidezza dell’immagine e potenza d’ingrandimento tutti gli altri microscopi allora esistenti, e fu uno strumento eccezionale per il progresso  scientifico.