L’origine dell’attuale Museo di Storia Naturale risale al Gabinetto di Ornitologia, istituito nel 1766 da Padre J.B. Fourcault (1719-1775), frate del Convento dei Minimi e ornitologo alla corte dei Borbone.

Nel 1768, i Gesuiti furono allontanati dal Ducato e ad essi venne confiscato il Palazzo di San Rocco, che da allora divenne la sede dell’Università e luogo in cui venne trasferito il Gabinetto che Fourcault diresse fino alla morte, nel 1775.

Gli succedette Michele Girardi, sotto la cui direzione il Gabinetto prese il nome prima di Gabinetto degli Animali e poi quello definitivo di Museo di Storia Naturale (1780). Seguì un periodo di abbandono del Museo sotto la dominazione francese e in seguito alla soppressione dell’Università; solo con il governo provvisorio, che ristabilì l’Università nel 1814, il Museo riprese la propria attività.

Pressoché trascurato durante la dominazione francese, sotto la quale avvenne la chiusura dell’Università, il museo conobbe un importante rilancio con il governo di Maria Luigia d’Austria, grazie all’interesse della duchessa per i naturalia. che favorì l’acquisizione di importanti collezioni naturalistiche. Trasferito nel Palazzo Ducale, a seguito della temporanea chiusura dell’Università causata dalla repressione dei moti del 1848, il museo venne di nuovo riportato definitivamente nel Palazzo San Rocco nel 1856. Tre anni più tardi, venne chiamato a dirigere il museo l’insigne naturalista Pellegrino Strobel, uno dei primi zoologi italiani a seguire la teoria evoluzionistica e iniziatore, con l’allievo Luigi Pigorini, della Paletnologia. Con Strobel il Museo assunse un ruolo culturale importante, sia sotto l’aspetto scientifico, sia sotto quello sociale: a lui si deve la prima esposizione del materiale raccolto in Eritrea dall’esploratore parmigiano Vittorio Bottego, aperta al pubblico nel 1891.

L’attuale configurazione del museo nel Palazzo Centrale è opera di Angelo Andres, successore di  Strobel che, durante la sua lunga direzione, diede una sistemazione definitiva al Museo Eritreo Bottego (1907), collocandolo nello splendido salone situato al primo piano del Palazzo, dove trova spazio anche la collezione zoo-etnografica congolese (1907) donata dal militare parmigiano Emilio Piola. Andres completò inoltre, negli anni 1923-25, la grande Galleria della Sistematica, i cui reperti illustrano la biodiversità mondiale nell’ambito dei vertebrati, alla quale è annessa la Sala di Anatomia comparata.

Nel 1980, per iniziativa dell’allora direttore Vittorio Parisi, il museo ha acquisito una sede moderna, presso l’Orto Botanico, dove è stata realizzata una sezione didattica, con sale aperte al pubblico dedicate alla fauna del Parmense, ai Lepidotteri, alla evoluzione biologica e alla storia del territorio. In questa sede sono state collocate la Biblioteca ornitologica Annibale Tornielli e la sala Temistocle Ferrante, che ospita una raccolta etnografica congolese degli inizi del XX secolo.

Venne allora articolato in due sezioni: quella zoologica diretta da Giovanni Cotti e quella mineralogica affidata a Mario Bagatta. A Cotti subentrò Marziale Caggiati ed a Bagatta Andrea Piroli. Sotto il governo di Maria Luigia d’Austria, il Museo incrementò le proprie collezioni in modo significativo, soprattutto sotto la direzione di Giuseppe Monici (1812-1859) con le acquisizioni, oltre alle collezioni geologiche e mineralogiche, delle collezioni zoologiche tra le quali quelle di Eugenio Bertè (Entomologia) e di Del Sette (Ornitologia). Negli anni 1854-1855 con il Museo collaborò, come preparatore, Alessio Lemoigne. Nel 1849 l’Università fu nuovamente abolita, questa volta dal Duca Carlo III e il Museo venne trasferito, con danni irreparabili alle collezioni, nel palazzo del Giardino Ducale. Venne poi riportato definitivamente nel Palazzo San Rocco nel 1856.Qui venne sistemato in modo adeguato alla sua crescente importanza. Infatti, nel 1859 venne chiamato all’Ateneo di Parma Pellegrino Strobel (1821-1895). Insigne naturalista di livello internazionale, fu anche iniziatore, con l’allievo Luigi Pigorini, della Paletnologia. Strobel dedicò gran parte della sua attività all’allestimento di sale espositive aperte al pubblico generico e incrementò le collezioni con la propria attività di ricerca, incentrata particolarmente sui molluschi. A lui si deve anche la prima esposizione del materiale raccolto in Eritrea dall’esploratore parmigiano Vittorio Bottego, che per ragioni di spazio fu posta nel vicino Palazzetto San Rocchino. Con Strobel il Museo assunse un ruolo culturale importante: egli compì estese esplorazioni in natura, fra cui le Ande Argentine, e fu un attento studioso della malacofauna appenninica. Va ricordato che Strobel fu tra i primi zoologi italiani a sostenere la teoria evoluzionistica. Durante la direzione di Strobel il museo, sito al primo piano di San Rocco, era costituito da diverse sale di ostensione: una dedicata alla zoologia, una alla paleontologia e paletnologia, due alle raccolte mineralogiche, oltre a due stanze con raccolte geologiche e mineralogiche. Al museo erano annessi locali per gli uffici, i laboratori e i magazzini. La Raccolta Bottego, aperta al pubblico nel 1891, consisteva in tre sale e due stanze situate al piano terra del Palazzetto San Rocchino, nelle quali il materiale zoologico era esposto con criterio evolutivo. Come rilevava giustamente lo Strobel, si trattava della prima esposizione di fauna regionale. L’attuale configurazione del museo nel palazzo universitario si deve ad Angelo Andres (1851-1934), succeduto a Strobel e che durante la sua lunga direzione riuscì a realizzare nel 1907 il Museo Eritreo Vittorio Bottego, collocato nello splendido salone situato al primo piano del Palazzo universitario, l’attigua Sala Piola, contenente una piccola collezione zoo-etnografica congolese (1907) e negli anni 1923-25 la Galleria della Sistematica, con annessa Sala di Anatomia comparata. Ad Andres succedettero nella direzione del museo, allora annesso all’Istituto di Zoologia il cui direttore era anche direttore del museo, diversi zoologi fra i quali Antonio Pensa, Antonio Venceslao Porta, Francesco Lanzoni, Antonio Balli, Claudio Barigozzi, Lodovico Di Caporiacco e Bruno Schreiber. La soppressione della Facoltà di Scienze (1924) non giovò certo al museo; lo scarso interesse per la ricerca museale che ha caratterizzato il successivo periodo determinò una fase di stasi del museo, che restò cristallizzato fino al 1980, subendo anche l’erosione di spazi. In tale anno, grazie all’interessamento del rettore Giuseppe Pelosio, venne data autonomia amministrativa al Museo, che prese l’attuale denominazione di Museo di Storia Naturale, consentendo, soprattutto grazie all’operato del direttore Vittorio Parisi, un rilancio dello stesso anche in rapporto alla acquisizione della sede in via Farini 90.

Più recentemente, sotto la direzione del prof. D. Csermely e poi della prof.ssa C. Menta, molti esemplari esposti nella galleria Andres sono stati restaurati ed altri sono in corso di restauro.

La nuova sezione di via Farini, dedicata soprattutto alla didattica, si compone di sale dedicate alla fauna del Parmense (collezione Del Prato), ai Lepidotteri (collezione don Boarini) e ad altri invertebrati, alla evoluzione biologica ed alla storia del territorio (sale Strobel).

In questa sezione sono state collocate, inoltre, la Biblioteca ornitologica Tornielli e la sala Ferrante, nella quale è conservata la raccolta etnografica congolese di Ferrante, che fu procuratore del re del Belgio in Congo nella prima metà del XX secolo.

Attualmente, dapprima sotto la direzione del prof. D. Csermely e successivamente sotto quella della prof.ssa C. Menta, si sta procedendo al restauro sistematico degli esemplari e alla catalogazione di tutti i reperti museali.

Il Museo svolge infine un ruolo importante didattico per le scuole, dalla materna alle superiori, sia conducendo visite guidate a tema sia offrendo laboratori interattivi.